2 sierpnia 2012 r. Prezes Zarządu ARP S.A Wojciech Dąbrowski wydał decyzję o zakończeniu postępowania kompensacyjnego Stoczni Gdynia S.A. Zakończenie procesu możliwe było po zaspokojeniu wierzytelności środkami pochodzącymi m.in. ze sprzedaży majątku Stoczni.

Celem postępowania kompensacyjnego była sprzedaż majątku Stoczni, zaspokojenie roszczeń wierzycieli oraz ochrona praw pracowników. Realizacja procesu kompensacji Stoczni Gdynia S.A. była prowadzona przez Zarządcę kompensacji, wybraną przez Zgromadzenie Wierzycieli,  spółkę "Bud-Bank Leasing" Sp. z o.o.

Zaspokojenie roszczeń wierzycieli Stoczni poprzedził proces zgłaszania, sprawdzania i zatwierdzania wierzytelności. Po sporządzeniu list wierzytelności, Zarządca kompensacji składał je do zatwierdzenia w Sądzie Rejonowym Gdańsk - Północ. Stosownie do zatwierdzania list wierzytelności, Zarządca kompensacji sporządzał i składał plany podziału kwot uzyskanych ze sprzedaży składników majątkowych Stoczni oraz gospodarowania majątkiem Stoczni.

W pierwszej kolejności zostały uregulowane zobowiązania wobec wierzycieli I i II kategorii oraz wierzycieli  zabezpieczonych rzeczowo na majątku Stoczni. Łącznie wśród wierzycieli Stoczni podzielono kwotę ok. 479,3 mln zł (dochody ze sprzedaży majątku i uzyskane z gospodarowania majątkiem Stoczni). Wykonanie tego planu było podstawą wystąpienia przez Zarządcę kompensacji do Prezesa Zarządu ARP S.A. z wnioskiem o wydanie decyzji o zakończeniu postępowania kompensacyjnego Stoczni Gdynia S.A.

W wyniku przeprowadzonych przetargów na sprzedaż składników majątkowych Stoczni Gdynia S.A., uzyskano ok. 421,5 mln zł brutto (w tym zatrzymane wadia). 

Pod koniec 2008 r. Komisja Europejska uznała, że pomoc publiczna udzielona polskim stoczniom - Stoczni Gdynia S.A. i Stoczni Szczecińskiej Nowa sp. z o.o. - została przyznana niezgodnie z regulacjami wspólnego rynku. Dla obu stoczni oznaczało to konieczność zwrotu uzyskanej pomocy publicznej wraz z odsetkami, co w ich sytuacji ekonomicznej było nierealne. KE zobowiązała Polskę do odzyskania udzielonej pomocy poprzez sprzedaż aktywów stoczni po cenie rynkowej w drodze otwartej, przejrzystej, bezwarunkowej i niedyskryminacyjnej procedury przetargowej.

Ustawa o postępowaniu kompensacyjnym w podmiotach o szczególnym znaczeniu dla polskiego przemysłu stoczniowego weszła w życie 6 stycznia 2009 r.